Mientras que la PGR insistía en que el Cardenal Posadas había sido asesinado en un fuego cruzado entre el Cártel de Sinaloa y el de Cártel de Tijuana, existe una tercera versión.
Efectivamente los Arellano Félix y El Chapo Guzmán se encontraban en el Aeropuerto de Guadalajara al mismo tiempo que el Cardenal Posadas, pero se rumora que asistieron a una reunión para “limar asperezas”, cita que habría sido organizada por Rodolfo León Aragón alias “El Chino”, entonces jefe de la Policía Judicial Federal, y que no tenía nada que ver con el Cardenal. Incluso, los rumores señalan que nunca hubo un enfrentamiento entre ambos grupos. Es más, al iniciar el ataque, los Arellano Félix huyeron en avión y El Chapo se fue en carretera.
En la serie Narcos: México, se asegura que los Arellano Félix huyeron en un avión de TAESA, aerolínea que, de acuerdo con el guion de la serie, supuestamente pertenecía al profesor Carlos Hank González. No obstante, no existe ni una sola versión que demuestre que los líderes del Cártel de Tijuana hubieran escapado en un avión de esta empresa. Se dice que los Arellano Félix llevaban un mes viviendo en Guadalajara porque estaban buscando a “El Chapo” y, uno de los hombres del Cártel, Jesús Alberto Bayardo Robles "El Gory" declaró que después de terminar la búsqueda, sus jefes lo enviaron a comprar boletos de avión hacia Tijuana el 24 de mayo de 1993, el día del asesinato del Cardenal. Todo parece indicar que los líderes del Cártel iban de salida y que ellos no tenían intenciones de matar al Cardenal. Y como dato adicional: resulta que el profesor Hank González nunca fue accionista ni dueño de TAESA.
“El Gory” inicialmente ayudó a sustentar la versión de la PGR que aseguraba una confusión entre el Cardenal y “El Chapo” cuando declaró que el objetivo era “El Chapo” Guzmán. Años más tarde, en 1997, mientras estaba en una cárcel de máxima seguridad en Estados Unidos, declaró que en México lo habían obligado a firmar una confesión y que el verdadero motivo del asesinato estaba ligado a información incriminatoria que tenía el Cardenal.
Así nació una tercera hipótesis. La existencia de un tercer grupo conformado por miembros de la Policía Judicial Federal que atacó de manera directa al Cardenal Posadas.
José Antonio Ortega Sánchez, el abogado del Arzobispado de Guadalajara, aseguró que este grupo estaba formado por elementos de la Policía Judicial Federal y que “El Chino” le había confesado que, en realidad, había tres grupos armados en el aeropuerto: los dos cárteles y un grupo conformado por presuntos elementos del Estado. En 2011, Benjamín Arellano Félix, exlíder del Cártel de Tijuana, confirmó que la muerte de Posadas había sido planeada por “El Chino” y que sí había citado a los Arellano Félix y a “El Chapo” al Aeropuerto de Guadalajara ese día, aunque no reveló el motivo de la reunión.
La periodista Anabel Hernández, en su libro “Los señores del narco”, menciona que la muerte del Cardenal “llamó poderosamente” la atención de Amado Carrillo, quien no podía creer que su gente estuviera involucrada en el homicidio. Furioso, “El Señor de los Cielos” su puso a investigar los hechos. Llamó a autoridades militares y policiacas y demandó la presencia de Héctor “El Güero” Palma, amigo y socio de “El Chapo” Guzmán.
Según el libro de Hernández, Carrillo se tranquilizó después de que “El Güero” Palma le asegurara que “El Chapo” no había asesinado a Posadas. “El Señor de los Cielos” también sabía que los Arellano Félix no habían matado al Cardenal porque eran una familia sumamente religiosa (tal como sí se muestra en la serie) y mantenían una relación con el Cardenal Posadas, quien había bautizado a una hija de Ramón Arellano Félix cuando era obispo de Tijuana. Su madre era una ferviente devota del Cardenal y jamás perdonaría a sus hijos por cometer dicho crimen e incluso les dejó de hablar por un tiempo al sospechar que sí habían matado al sacerdote.
Según la versión de la periodista, Carrillo concluyó que ni los Arellano Félix ni “El Chapo” estaban involucrados en la balacera, sino que se trataba de un tercer grupo, confirmando la versión de que podría tratarse de la Policía Judicial Federal.
Han pasado casi 30 años desde el homicidio del Cardenal y el caso sigue abierto sin personas sentenciadas por este crimen. Aunque la PGR insiste en que el Cardenal murió a mano de sicarios del Cártel de Tijuana al confundirlo con El Chapo, la Iglesia católica mexicana asegura que fue víctima de un crimen de Estado y, junto al Vaticano, ha pronunciado su inconformidad con la investigación y sigue presionando para que se haga justicia al caso.