En el Capítulo 9 de Narcos: México, Walt Breslin, agente de la DEA, se entera que el General Rebollo está a punto de ser arrestado. Cuando Walt llega a confrontar al General, este ve cómo los militares queman documentos, destruyen evidencia y prácticamente desmantelan las oficinas antidrogas del gobierno mexicano en Tijuana. El General está en su escritorio observando y le comenta a Walt Breslin que el CNI (Centro Nacional de Inteligencia) está removiendo “cualquier cosa que pueda avergonzar a sus jefes”.
Cuando el agente Breslin le pregunta al General si las acusaciones en su contra son verdaderas, Rebollo simplemente le responde que sus países –México y Estados Unidos– no quieren pelear la guerra contra las drogas en realidad, sino solamente aparentar que lo hacen. Gutiérrez Rebollo comenta que él hizo lo que tuvo que hacer para que las cosas se lograran.
Aunque la historia presentada por Narcos: México parece atractiva y digna de una serie, la realidad sobre la captura del General Gutiérrez Rebollo es muy distinta cuando se contrasta con fuentes de información verificada.
La noche del 6 de febrero de 1997, el General Gutiérrez Rebollo recibió una llamada del secretario de la Defensa, el general Enrique Cervantes, quien le ordenó que se presentara en su despacho inmediatamente. Casi a media noche, un grupo selecto de miembros del Estado Mayor detuvieron a Gutiérrez Rebollo.
La noticia de su arresto se mantuvo en secreto por 13 días, dando paso a todo tipo de especulaciones sobre su paradero. Algunos decían que el General había sufrido un atentado, otros que se había querido suicidar e incluso algunos afirmaban que había sufrido un colapso nervioso y que estaba internado en el Hospital Militar. Años después, el propio General Rebollo revelaría que lo internaron en contra de su voluntad para practicarle un cateterismo e inducirle un paro cardíaco para provocarle la muerte.
El 18 de febrero del 97, el Secretario Cervantes convocó a una conferencia de prensa en la que declaró que Gutiérrez Rebollo tenía vínculos con el crimen organizado y que había protegido al Señor de los Cielos. Cervantes dijo que “Gutiérrez Rebollo había traicionado a la institución militar y atentado contra la seguridad nacional, al brindar protección, durante varios años, a uno de los principales barones de la droga” y que “se procedería contra él de manera severa, sin importar jerarquías”.
72 días después de haber sido nombrado el Zar Antidrogas, Gutiérrez Rebollo se convirtió en el primer General del Ejército mexicano en ser sentenciado por tener relación directa con el narcotráfico. Fue acusado de recibir sobornos, de obstruir la justicia, de facilitar el transporte de cocaína, de ser cómplice de tráfico de armas y culpable de ayudar a Amado Carrillo y el cártel de Juárez.
Tanto Gutiérrez Rebollo como su familia argumentaron que le habían tendido una trampa, buscando dañar su reputación e insistieron en que si, en algún momento había llegado a tener contacto con algún narcotraficante, había sido siempre con la intención de arrestarlo. Sin embargo, el Zar Antidrogas fue removido de su puesto y arrestado.
Tras ser declarado culpable, Gutiérrez Rebollo fue sentenciado a casi 32 años de prisión y trasladado al penal de alta seguridad en Almoloya de Juárez, Estado de México. Ahí permaneció hasta que fue trasladado al penal federal de Tepic.
En 2007, fue condenado con una nueva pena de 40 años de prisión, así como una multa de $24,716,829 pesos. Ese mismo año, Gutiérrez Rebollo tramitó un amparo contra la condena que se le había impuesto en 1997 y solicitó que le restituyeran sus rangos militares. La pena original no fue absuelta, pero sí le restituyeron sus rangos en 2008, pues dicen que los militares “lo perdonaron”.
En 2011, fue trasladado al Hospital Central Militar de la Ciudad de México debido a las enfermedades cardiorrespiratorias, diabetes y cáncer que sufría. El 19 de diciembre, bajo arresto domiciliario y con 79 años de edad, murió a causa de un derrame cerebral.