Una teoría señala que, a pesar de las supuestas amenazas que recibió Posadas de Los Pinos, el líder religioso estaba dispuesto a hacer pública la información que tenía de los nexos entre políticos y líderes del crimen organizado. Tiempo después, José Antonio Ortega Sánchez, abogado del Arzobispado de Guadalajara, acusó al general Jorge Carrillo Olea, futuro Gobernador de Morelos, de liderar la operación de Estado que mató al Cardenal Posadas, lo cual implicaría que ni el Cártel de Tijuana, ni “El Chapo” Guzmán, ni el profesor Carlos Hank González, tuvieron algo que ver con el asesinato, como lo sugiere la serie.
Una segunda teoría respecto al motivo detrás del asesinato del Cardenal acusa al propio Posadas de estar involucrado en actividades ilícitas. En el libro “Los malditos” de Jesús Lemus, un excomandante de la Policía Judicial en Sinaloa y principal sicario de los Arellano Félix, José Humberto Rodríguez Bañuelos, conocido como “La Rana”, relata que años antes de su asesinato en 1993, él estuvo a punto de asesinarlo debido a que el Cardenal “le estaba quitando las ganancias a un grupo vendedor de armas.” Según “La Rana”, el Cardenal utilizaba la iglesia donde ofrecía misa para ocultar la venta de armas.
Durante su declaración ministerial, “La Rana” aseguró que en el "lugar había varias personas armadas y con conchas (credenciales metálicas), vestidos de civil, al parecer (policías) judiciales, así como dos vehículos oficiales del Ejército, tres de la Policía Federal de Caminos”. También mencionó que entre los elementos policiacos identificó a Rodolfo León Aragón “El Chino”, el director de la Policía Judicial Federal, quien estaba acompañando a “El Chapo”. Cabe resaltar que “La Rana” ha sido de las únicas personas detenidas en relación con el asesinato del Cardenal Posadas. Según el autor del libro, “La Rana” habría sido contratado por un militar para orquestar el asesinato del Cardenal.
Jesús Alberto Bayardo Robles “El Gory”, un hombre de los Arellano Félix, declaró en 1997 que el verdadero motivo del asesinato estaba ligado a unos documentos que tenía el Cardenal en los que se involucraba a jefes del crimen organizado con altos funcionarios del gobierno mexicano. Hay testigos del asesinato que además declararon que un hombre abrió la cajuela del coche en el que viajaba el Cardenal y sacó unos documentos de los que se desconoce su contenido y paradero.
Mientras estaba en prisión, en 2011, Benjamín Arellano Félix, exlíder del Cártel de Tijuana, dijo que el Cardenal ayudaba a conseguir armas a los grupos guerrilleros, sin embargo, no especifico más. Por otro lado, Marcos, el histórico líder del EZLN, dijo tener la “intuición” de que Posadas fue asesinado porque sabía de algunos funcionarios de alto rango implicados en el negocio de las drogas, la información que estaba a punto de decirle a Girolamo Prigione, representante del Vaticano en México.